Электрофоретическое разделение нуклеиновых кислот в образцах ПЦР-смеси после амплификации
ПЦР ставили по протоколам с использованием SYBRgreen и TaqMan. Амплификация проходила в микропланшетах в объеме смеси – 1 мкл (на геле эти образцы обозначены прописной буквой «ч») и как контроль в амплификаторе «ТерЦик» под минеральным маслом в объеме 20 мкл(на геле – это образцы с индексом «а»). Заглавные буквы T и S означают ПЦР с системой TaqMan и SYBRgreen соответственно. Индексы 1, 2 и 3 в системе TaqMan означают использование разных растворов полимераз и в принципе важного значения для этого опыта не имеют, поэтому их можно расценивать как 3 повтора. Индекс «чдо» у одного из S означает ПЦР-смесь до амплификации. В карман геля наносили по 5 мкл образца. М – маркер – смесь нуклеиновых кислот размером от 50 до 1000 п.н.
На рис. видно, что амплификация прошла во всех пробах системы TaqMan. Шесть полос, проявившихся на геле чуть ниже уровня полосы маркера с цифрой 100 означают, что во всех этих пробах прошла реакция и наработался фрагмент ДНК размером около 100 п.н. На дорожках, куда вносили пробы после амплификации в «Терцике» полосы проявились сильнее, чем на дорожках с пробами из чипа. Значит наработанного фрагмента в плашках меньше, чем в макрообъеме под маслом. Это обстоятельство опять же объясняется форматом микрообъемов, где погрешности каждого из этапов работы становится критичным. В случае с SYBRgreen также наблюдается подобная картина. Полоски не проявились в случае с образцом не прошедшим амплификацию и проявились на дорожках лунок, куда вносили образцы после амплификации. Следовательно амплификация в них прошла и наработался фрагмент размером около 600 п.н.
Гель фотографировали с зеленым светофильтром, пропускающим соответствующую длину волны красителя (520 нм). На геле хорошо заметны зеленые полосы крашенной наработанной в процессе амплификации ДНК и исходной матрицы(полосы в самом начале карманов), которая имеет большой размер (5000 п.н.) и за время разделения успела только войти в гель. Опять же количество наработанного фрагмента в чипе меньше (хоть и не значительно по сравнению с системой TaqMan), чем в макрообъемной ПЦР-смеси. Однако нужно обратить внимание на то, что верхняя полоса в лунке S18ч окрашена слабее, чем в лунке S18а. Это говорит о том, что изначально количество матрицы в образце было меньше, что опять же связано с погрешностями в работе с микрообъемами.
Распределение дикорастущих пищевых, лекарственных и ядовитых растений по
различным природным зонам
Обилие пищевых и лекарственных растений в том или ином районе обычно прямо пропорционально богатству и разнообразию его флоры. Поэтому ресурсы пищевых и лекарственных растений наиболее значительны во влажных тропических областях. В северных районах со скудной растительностью видовой состав растений, имеющих пищевое и лекарственное значе ...
Общие свойства эндоцитозного пути
Разграничим процессы поглощения клеткой крупных частиц, растворенных веществ и жидкости. Поглощение крупных частиц называется фагоцитозом и характерно только для клеток некоторых типов. Процесс активируется частицами и чувствителен к цитохалазину. После образования промежуточной фагосомы везикула закисляется и затем сливается с лизосомо ...
Шар или картофелина?
Рис. “Неделна правда” (ЧССР)
Стоило человеку однажды посмотреть на планету Земля из космических далей, как сразу же появилось поэтическое название “голубая планета”. Но специальному оборудованию, которым насыщены искусственные спутники Земли, не дано поэтизировать, и потому они “взирают” на голубую планету беспристрастным оком. ...