BioNow

В результате проделанной работы была построена модель структуры комплекса S15-16SрРНК (S15 T3C мутант).

Модель была уточнена до R-фактора 24,5% и Rfree 30,9% при разрешении до 2,9Е, и включает 86 аминокислотных остатков и 57 нуклеотидов. Общее число атомов модели в независимой части элементарной ячейки составило 1943. Модель обладает хорошими стехиометрическими параметрами и не содержит остатков, расположенных в запрещенных областях карты Рамачандрана.

Таблица 2.2.1. Статистика уточнения структуры комплекса комплекса S15-16SрРНК (S15 T3C мутант)

Как видно из рисунка 2.2.1., белок S15 относится к семейству a-спиральных белков и состоит из четырёх a-спиралей, взаимодействующих с 16SрРНК и стабилизирующих данную структуру.

Фрагмент 16S рРНК из T.thermophilus (рис. 2.2.2.) длиной 57 нт состоит из укороченных спиралей Н20, Н21 и Н22. Спираль Н22 стыкуется со спиралью Н21, образуя вытянутую структуру, а спираль Н20 прилегает к ней под углом примерно в 60°.

Белок S15 распознаёт на поверхности РНК два удалённых участка, один из которых располагается в верхней части спирали H22, а другой – в районе соединения трёх спиралей РНК (рис. 2.2.3.). Участки отстают друг от друга на один виток спирали.

Блоттинг-анализ
Разработка гибридизационного метода Саузерном. Фундаментальные открытия, лежащие в основе гибридизационного метода. Перенос и идентификация макромолекул после разделения. Понятие "блоттинга". Лабораторные модификации блоттинг-метода для определения ДНК, РНК и белков. Метод in situ гибридизации, лежащий в основе гистохимических ...

Методы 6-мерного поиска
При использовании моделей плохого качества (например, в случае низкой гомологии) или моделей описывающих лишь малую часть неизвестной структуры часто возникает ряд проблем, затрудняющих решение задачи молекулярного замещения обычными методами. Значительные ошибки функции вращения, неизбежно возникающие в таких случаях, усугубляют собств ...

Особенности физиологии
Среди представителей рода наиболее распространены факультативные анаэробы, но некоторые из них — строгие анаэробы или облигатные аэробы. Хемоорганотрофы, обладающие дыхательным и бродильным типами метоболизма. Катаболизируют D-глюкозу и другие углеводы с образованием кислоты, но не газа (исключение составляют V. furnissii, V. gazogenes ...